1954年，冯其庸被调至北京，任教于中国人民大学。十年后“文革”开始，冯其庸前往江西干校，生活辗转，意外频出，命运随之起伏，他渐渐对《红楼梦》感慨颇深，“陋室空堂，当年笏满床；衰草枯杨，曾为歌舞场……”其萧寒窘遇，如同亲尝。冯其庸对《红楼梦》有了更深刻的理解，1969年，因为担心《红楼梦》被红卫兵抄走，他开始瞒着所有人，手抄《红楼梦》。一年后的某个雨夜，他抄完了最后一个章节：白茫茫一片大地，贾宝玉身着大红斗篷向贾政下拜，一僧一道将他带走，口中念道：“我所居兮，青埂之峰。我所游兮，鸿蒙太空。谁与我游兮，吾谁与从。渺渺茫茫兮，归彼大荒……”搁下笔，冯其庸感慨万分，赋诗道：“《红楼》抄罢雨丝丝，正是春归花落时。千古文章多血泪，伤心最此断肠辞。”
人民文学出版社出版的各种版本和装帧形式的《红楼梦》，包括校注排印本、精装影印本、线装影印本等
1973年8月，随着红学研究热潮的兴起，冯其庸被北京市委宣传部调至评论《红楼梦》写作组，在他看来，研究《红楼梦》不仅是解读它的故事情节，更主要的是探究其中埋藏的家庭历史和社会风情，所以需要读更多的书来印证，才能把它弄明白。在方法论上，冯其庸从曹雪芹的家世入手，做了己卯、庚辰、甲戌等早期主要抄本的研究，然后又进入《红楼梦》思想、人物、文本艺术的研究。有关解读《红楼梦》的文章，全部收入了他的《解梦集》。
手抄《石头记》
2017年1月19日，冯其庸50年前手抄的《瓜饭楼抄庚辰本石头记》刚刚由青岛出版社出版。冯其庸先表示：“我对这部抄本《红楼梦》真爱到如同自己的生命一样。”
在冯其庸看来，实际上《红楼梦》既是小说，也不完全是小说，它跟一般的纯粹以故事为内容的小说不一样，它有很多情节隐蔽在这书里，结合他的家庭遭遇可以看出来。“曹雪芹为了使整个故事完整，同时也为了让世人把它当做一种茶余饭后的小说来看，不要看透他自己的心意，所以他要掩盖自己。以前人说它是自传，胡适说《红楼梦》是自传，自传也不对，这不是完全按照自己的传记来写的。书里有许多虚构的东西，比如太虚幻境，家庭哪来的太虚幻境？没有这个可能，那是神话，他虚构的东西。”冯其庸认为，曹雪芹的家庭和他亲戚家庭的遭遇是书中隐蔽的内容。整部《红楼梦》八十回，有很多写欢乐的场面，但是一种悲凉的调子一直没有变。
