(1)并购难度大，适合二级市场并购的上市公司少之又少。因为从理论上讲，全面收购成功的最低持股数应是50%，而99年前流通股比例在50%以上的不足百家，这一现实无疑对公司收购造成很大局限。此外，在《证券法》出台以前，并购还受到政策法规的限制，这些限制包括：收购主体，限于法人，而自然人被排斥在外；收购方式，协议收购未被认可；首次举牌5%及每增减2%都要举牌的规定，使收购成本大为提高，收购难度因而增加。
(2)并购方式以场外协议转让为主。二级市场并购由于可供选择的目标公司数量少，加之并购成本高、时间长、难以获得全面收购豁免，因而不能成为主流。与二级市场并购相比，场外协议转让成功率较高，其原因在于：①并购对像选择范围大；②并购成本低，由于公有股长期不能流通，公有股股东变现愿望强烈，往往以低于市价较大的幅度成交；③由于国有股权和法人股权的集中程度高，股权转让有条件一次性完成，避免了多次公告之烦和夜长梦多、节外生枝之虞。④由于政府支持和易被目标公司接受，并购行动实施障碍小。
(3)并购意愿以友好并购或善意并购为主。尽管我们不能否认“宝延”、“万申”等极少数二级市场并购案例带有“恶意收购”性质，但对绝大多数采取协议并购方式的并购案例而言，如无目标公司的合作，并购决无成功之可能，因而属友好并购、善意并购性质。
(4)黑箱操作，透明度低，二级市场的收购大多演化为投机性炒作。这是并购以协议收购为主、缺乏市场竞争和难以监管的必然结果。
(5)政府行为色彩浓重，市场化程度低。由于居控股地位的国有股实际上由政府控制，所以上市公司无论作为并购公司还是目标公司，在并购问题上均表现出浓厚的政府行为色彩。但从99年以来，政府行为逐步减弱，市场化色彩渐浓。据统计，98年的70起股权转让中，无偿转让的23起，99年以来，股权无偿划拨数量大为减少。
